1950년 3월12일 日本 漢方醫學界의 최고 학술단체인 日本東洋醫學會가 東京에서 정식으로 출범한다. 그리고 이 학회의 학술잡지인 『日本東洋醫學會誌』도 같은 해에 창간되어 현재까지 이어지고 있다.
이 학회의 사무소는 東京에 두었고, 그 아래에 東日本支部, 關西支部, 東海支部, 中四國支部, 九州支部, 北陸支部, 北海道支部, 東北支部 등이 설치되었다. 회원은 醫師, 藥劑師, 鍼灸師 및 기타 漢方醫學硏究者와 貢獻者 등을 포함시켰으며, 1977년에는 社團法人이 되었다.
東洋醫學會가 창립된 이후 회장을 역임한 인물은 森田幸門 伊東彌惠治, 大澤勝, 大塚敬節, 衫原德行, 內山孝一, 岡西爲人, 鈴木正夫, 原三郞, 細野史郞, 石川太刀雄, 鈴木宜民, 矢數道明, 山田光胤 등이었다. 理事長은 龍野一雄 細野史郞, 和田正系, 大塚敬節, 矢數道明, 藤平健, 相見三郞, 伊藤淸夫 등이 역임하였다.
1989년 현재 전체 회원은 8669명에 달하였으며, 이 가운데 醫師 6934(79.99%), 製藥師 1071(12.35%), 鍼灸師 280(3.25%), 贊助 265(3.06%), 海外學者 63(0.73%)으로 구성되어 있다.
日本東洋醫學會는 학술총회 및 지방회의를 개최한 것 이외에도 국제적 교류를 거행하였다. 1961년 韓國의 裵元植 先生이 日本東洋醫學會에 참가하면서 韓國과 日本의 학술교류는 빈번해졌다. 1980년 中國衛生部 部長 崔月犁 등이 참가한 이래 中國과의 학술교류는 증가하였다. 1986년 10월19일 京都에서 제4차 國際東洋醫學會를 개최할 때 회의에 참석한 인원이 일본인 937명이었고, 해외학자들은 한국, 대만, 중국 등에서 207명에 달하였다.
日本東洋醫學會에서는 漢方原料調査委員會, 經絡主治硏究委員會, 民間藥調査委員會 등을 운용하여 많은 성과를 내었다. 漢方原料調査委員會는 특별히 保存漢藥基源植物事業을 펼쳐서 奈良縣 十津村에서 출산되는 蒼朮 등 14종의 약재를 보존하기 위해서 森林公園 및 紀伊半島藥用植物園 設立 등의 계획을 세웠다.
東亞醫學協會는 1938년 11월에 東京에서 창립되었고, 기관지 『東亞醫學』이 창간되었다. 그러나 일시적으로 활동이 중지되었고, 학술지 『東亞醫學』도 1941년 3월 『漢方與漢藥』, 『醫道日本』 등과 합병되었다. 1954년 8월 東亞醫學協會는 활동을 재개하고 『漢方臨床』이라는 이름의 기관지를 다시 창간하고, 矢數道明이 이사장, 事務理事로 大塚敬節, 細野史郞, 和田正系, 間中喜雄 등, 監事로 伊藤淸夫, 山田光胤, 평의원에 相見三郞 등이 맡았다.
1953년 7월24일에는 矢數道明과 長濱善夫가 주최하여 東京에서 ‘全日本漢方醫學懇談會’를 개최하였다. 이 회의에서 漢方醫學의 앞날, 한방의학의 발전계획, 한방진료 건강보험 등재 등의 문제를 논의하였다. 그리고 이 모임의 명칭을 ‘全日本韓方醫師聯盟’이라고 이름을 붙였다. 그리고 1954년 6월15일에 연명은 정식으로 성립되게 되고, 『全漢醫報』라는 기관지가 창간된다.
이 연맹은 일본 유일의 의사가 조직한 한방관련 단체로서 위원장은 矢數道明, 부위원장은 大塚敬節, 長濱善夫 등이었다. 1965년에 이르면 회원은 136명에 달하였고, 그 안에 學術部, 宣傳部, 政治部, 保險部, 醫藥部, 厚生部, 敎育部, 連絡調査部 등을 두어 활동하였다. 이 연맹의 목표는 전국에서 한방의료에 종사하는 의사들과 한방의학에 관심을 가지거나 연구하는 醫師들간의 연락과 협조를 도와서 한방의학을 진흥시킬 각종 활동을 전개하는 것이었다.
日本東洋醫學會는 현재까지 일본 한방의학계를 대표하는 단체로서 韓國東洋醫學會와 돈독한 관계를 유지하면서 國際東洋醫學會를 통해 한국의 한의계와 학술 교류를 이어가고 있다.